Urodził się 7 września 1946 r. w Staszowie. Dzieciństwo i lata szkolne spędził w Sandomierzu. W 1969 r. ukończył Wydział Prawa i Administracji Uniwersytetu Warszawskiego. Ukończył także Studium Podyplomowe Prawa Sądowego na Uniwersytecie Warszawskim oraz Studia Podyplomowe w Kolegium Zarządzania i Finansów Szkoły Głównej Handlowej.

W latach 1969-1971 odbył aplikację sądową. Od 1971 r. do 1973 r. był asesorem, od 1973 r. sędzią Sądu Powiatowego w Kielcach, a od 1975 r. Sądu Rejonowego. W latach 1979-1989 wykonywał zawód radcy prawnego.

Współzałożyciel "Solidarności" w regionie Świętokrzyskim, wiceprzewodniczący Zarządu Regionu. Współautor historycznego "Posłania do narodów Europy Środkowej i Wschodniej". Internowany 13 grudnia 1981 roku. W latach 1986-1989 członek regionalnej Tymczasowej Rady "Solidarności", a w 1989 roku członek Komisji Krajowej NSZZ "Solidarność". Ekspert ds. samorządu terytorialnego podczas obrad Okrągłego Stołu.

Od 1989 r. do 1993 r. był senatorem RP, przewodniczącym senackiej Komisji Samorządu Terytorialnego i Administracji Państwowej. W latach 1989-1993 był członkiem Komisji Konstytucyjnej Senatu oraz od 1991 r. do 1993 r. Komisji Konstytucyjnej Zgromadzenia Narodowego. Pełnił w tym czasie także funkcję przewodniczącego rządowych zespołów ds. reformy administracji publicznej. Był współtwórcą reformy samorządu terytorialnego w latach 1989-1999. Od 1990 r. do 1993 r. pełnił funkcję Generalnego Komisarza Wyborczego. W latach 1997-1999 był podsekretarzem stanu w Ministerstwie Spraw Wewnętrznych i Administracji. Od 1991 roku jest wykładowcą w Centrum Studiów Samorządu Terytorialnego i Rozwoju Lokalnego Uniwersytetu Warszawskiego.

Współzałożyciel Fundacji Rozwoju Demokracji Lokalnej i wiceprezes Rady Fundatorów FRDL. Członek, a w latach 1990-1999 wiceprezes Polskiego Stowarzyszenia Jazzowego.

Odznaczony Złotym Krzyżem Zasługi oraz medalem Gloria Artis. 3 czerwca 2008 r., Prezydent Litwy Valdas Adamkus odznaczył Jerzego Stępnia Orderem Wielkiego Księcia Giedymina.

Jest autorem licznych publikacji z zakresu administracji publicznej, prawa wyborczego, prawa konstytucyjnego, polityki monetarnej i historii najnowszej.

Sędzia Trybunału Konstytucyjengo w latach 1999-2008 i Prezes Trybunału Konstytucyjnego w latach 2006-2008.